Sam si odpovidam :) samozrejme chyba byla ve mne - nepouzil jsem binarku grub z toho systemoveho disku, ale novejsi. Pri pouziti te spravne masinka jiz bootuje. Takze na zaver - fungujici skript je tenhle: ./grub --batch <<EOT device (hd0) /dev/hde root (hd0,0) setup (hd0) quit EOT